ین بخش واقع در طبقه ی اول و مشتمل بر 7 اتاق جهت اعمال جراحی می باشد که در اتاق های عمل آن، جراحی های ارولوژی، قلب وعروق، پیوند کلیه و جراحی عمومی انجام می شود. این امکان در مرکز وجود دارد که بعضی اعمال به صلاحدید پزشک و بیمار به روش لاپاراسکوپی انجام شود.آرمان این بخش در راستای رسالت سازمان طراحی گردیده و ارائه اعمال جراحی مرتبط با تخصص سازمان با بهترین کیفیت می باشد، که با وجود پرسنل ماهر و متخصص در دو حیطه اتاق عمل و بیهوشی و پزشکان مجرب دست یافتنی گردیده است. به نحوی که شاخص های کمی و کیفی مورد اندازه گیری در این بخش، نشان دهنده وجود خدمات با کیفیت و ارتقا در این واحد می باشد. هر کدام از پرسنل اتاق عمل طوری آموزش دیده اند که قادر به انجام کلیه اقدامات در تخصص های گوناگون و علاوه بر آن توانایی آموزش و انتقال آموخته های خود را به فراگیران و افراد جدیدالورود دارا باشند مانند پیوند، لاپاراسکوپی، قلب-عروق و... این واحد پاسخگوی بیمارانی است که با استرس داشتن عمل جراحی به آن قدم گذارده و سعی ما بر آن است که بهترین خدمات را به آنان ارائه دهیم.