این مرکز توسط بانی خیر آن مرحوم حاج محمد مهدی ابراهیمی دریانی در سال 1336 تاسیس و وقف گردید و از شهریور سال 1364 به نام شهید هاشمی نژاد تغییر نام یافت. از آن زمان این مرکز به عنوان مرکز کشوری درمان بیماریهای کلیوی تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی ایران مشغول خدمت رسانی به جامعه میباشد. این بیمارستان اولین و بزرگترین مرکز همودیالیز و پیوند کلیه در کشور به شکل مستمر بوده است و بیش از 30 سال است که به تربیت ارولوژیست و نفرولوژیست اشتغال دارد.

مرکز فوق تخصصی شهید هاشمی نژاد مرکزی آموزشی- درمانی بوده که از سال 1381 با تغییر در سیستم مدیریتی آن به مسیر تعالی قدم گذارده است که سبب تحول همه جانبه در آن گردیده است. این مرکز در حال حاضر با بکارگیری سیستم  (Public Private Partnership-PPP )  و تعامل گروههای پزشکی- مهندسی و خیرین و مشاوران اقدام به تحولی عظیم در زیربنای سلامت کشور نموده و امکان بکارگیری تمام ظرفیتها را در خدمت رسانی بهتر به بیماران فراهم نموده است به نحوی که طلایه دار انقلاب کیفی در بیمارستانهای کشور گردیده است و سبب ورود سایر بیمارستانها به عرصه سیستم های کیفی و شرکت در جایزه تعالی شده است.